Windows8.1で確認しました。
フォルダやファイルを右クリックすると出てくるコンテキストメニューに、
「VLCメディアプレイヤーのプレイリストに追加」
「VLCメディアプレイヤーで再生」
という項目が追加されてしまいました。
これが出ないようにするには、一旦アンインストールして、再度インストールする際にコンテキストメニューのチェックを外してインストールすればよい。これだけです。レジストリ等を編集する必要はありません。
では具体的に。
VLC media playerをコントロールパネルなどからアンインストール。
設定とキャッシュを残したい場合は「設定とキャッシュを削除」にチェックを入れない。
削除が完了したら、公式サイトからインストーラー(この時の最新版はvlc-2.1.3-win32.exeでした)をダウンロード。
vlc-2.1.3-win32.exeをダブルクリック
コンテキストメニューのチェックを外してインストール
自分の場合はメインの動画プレイヤーではないので、「スタートメニューショートカット」の項目以外はすべてチェックを外してインストールしました。
結果
「VLCメディアプレイヤーのプレイリストに追加」 と 「VLCメディアプレイヤーで再生」 が消えました。